Michael Schläpfer studierte allgemeine Geschichte, Musikwissenschaft und Schulmusik an der Universität Zürich. An der Kantonsschule am Brühl St. Gallen ist er Lehrer für Geschichte und Musik.

Seit 2001 leitet Michael Schläpfer den Männerchor Heiden. Seit 1990 das Orchester Camerata Salonistica. 2017 übernahm er die Leitung von Stradis Orchester. Von 1995 bis 2001 dirigierte er die Jugend-Sinfonietta St.Gallen. Als Chorleiter betreute er von 1992 bis 2017 den Chor Gais, seit 1995 die Kanti am Brühl-Singers, seit 2013 den Frauenchor sinGALLinas und seit 2017 den Kantonalen Jugendchor St.Gallen voxJssimo.